中央支持地方高校改革發展專項資金建設項目由發展規劃處牽頭組織，計財處、資產管理處、實驗室與設備管理處等職能部門共同管理。具體申報、建設、管理、驗收流程如下：
一、申報流程：
1. 項目儲備：每年10月中旬，發展規劃處在全校范圍組織項目預申報工作，并召集計財處、資產管理處、實驗室與設備管理處等相關部門對項目進行篩選儲備。
2. 項目申報：次年3月或4月，教育廳下發中央財政專項正式申報通知，發展規劃處根據當年文件通知要求，按照學校發展重點和輕重緩急的原則，對儲備項目進行分年度建設排序，并提請學校辦公會議審定后報教育廳。
3. 項目獲批：次年1月、6月，教育廳下發撥付中央財政專項經費文件，發展規劃處根據文件制定經費分配方案并提請學校審定；審定后方案轉發相關職能部門，并告知各項目負責人審定后的經費額度。
二、建設流程
4. 項目推進：發展規劃處根據項目整體執行進度，在每年4月、6月、8月、10月，組織計財處、資產管理處、實驗室與設備管理處等相關部門及各項目負責人召開項目建設推進會，解決項目建設過程中遇到的困難，保證項目按時高質量完成。
5. 項目細化：按照學校審定的經費額度，發展規劃處（全盤）、實驗室與設備管理處（主要負責涉及購置設備的項目）通知各項目負責人進行項目計劃的調整、申報書的細化，此環節當于項目獲批且經費分配后的10天內完成。
6. 參數論證：由實驗室與設備管理處組織，分管校領導主持，發展規劃處、教務處、資產管理處、審計處、計財處等職能部門參加，對各項目細化后的儀器設備購置參數進行論證，并將完善定稿后的項目申報書送發展規劃處、實驗室與設備管理處備案存檔，此環節當于項目獲批且經費分配后的20天內完成。
7. 項目建設：各項目負責人根據論證定稿后的儀器設備購置方案發起校內采購流程，由資產管理處按照項目管理歸屬批轉流程，實驗室與設備管理處核對項目最終清單，此環節當于項目獲批且經費分配后的30天內完成。
8. 招標采購：資產管理處負責項目的招標采購工作，項目成交后由項目建設單位和中標商家簽訂供貨合同，并提交實驗室與設備管理處備案，此環節當于項目獲批且經費分配后的90天內（最晚于當年10月15日前）完成。
9. 設備驗收：設備供貨、安裝、調試完成，由實驗室與設備管理處和項目建設單位組織驗收，驗收合格后項目建設單位負責人（聯絡人）辦理相關手續，由發展規劃處、實驗室與設備管理處簽字，計財處辦理付款，資產管理處負責設備登記入庫，此環節當于項目獲批且經費分配后的120天內（最晚于當年11月30日前）完成。
三、 績效填報及其他
10. 各項目負責人每月5日前上報《自治區本級部門單位項目支出績效監控情況表》、《項目支出績效目標表》，每季度（7月5日、10月5日、12月25日）上報《20**年部門預算安排政府采購資金執行情況表》，每年12月25日上報《自治區本級項目支出績效自評報告》，以上材料按時提交計劃財務處。
11. 各項目負責人需根據年初下達的績效目標，分別于6月20日、9月5日、12月5日前（每年時間將根據教育廳通知進行調整）填寫《中央財政支持地方高校改革發展專項轉移支付績效監控情況表》提交發展規劃處，如執行出現偏差應附帶說明并提出整改措施。
12. 根據近兩年對專項資金的管理要求，凡是上半年下達的專項資金原則上在當年10月底前使用完畢。
